MyoPath

正在开发中

MyoPath 目前正在积极开发中，尚未公开发布。

MyoPath 是一个基于深度学习的骨骼肌活检客观形态学评估流水线，分析常规 HE 染色全切片图像（WSI）。

Live DemoSample: HE_M3405 | M3405

Analysis Summary

Tissue CompositionPercentage of ROI area

48.95%

48.81%

Muscle: 48.95% Fat: 2.24% Connective: 48.81% Nuclei: 8.45%

ROI Region

Total Area:2.25 mm²

Muscle Fibers

Count:522

Area:1.10 mm²

Percentage:48.95%

Fat Regions

Count:61

Area:0.0504 mm²

Percentage:2.24%

Connective Tissue

Area:1.0982 mm²

Percentage:48.81%

Fiber Size Distribution

Mean:2109.9 μm²

Median:1860.1 μm²

Std:1469.4 μm²

CV:0.696

Fiber Shape

Shape Factor (mean):0.561

Shape Factor (std):0.048

Aspect Ratio (mean):1.23

Nuclei Analysis

Total Nuclei:5412

In Muscle:1272

In Connective:4137

Per Fiber (mean):2.86

Multinucleated:330

Centralization Index:0.112

Pathology Indicators

Nuclear-Muscle Ratio:2.44

Inflammatory Infiltration:3767 /mm²

Fiber Size Variability:0.696

Shape Circularity:0.561

Fat Infiltration:2.24%

Fibrosis:48.81%

Nuclear Centralization:0.112

Analysis Detail

Image Comparison

↔

Original

Color Map

概述

MyoPath 实现了四层组织分割流水线 — Cellpose-SAM 用于肌纤维实例分割、像素分类器用于脂肪浸润识别、Watershed 用于细胞核检测、布尔减法用于结缔组织 — 每个样本提取 37 个形态学特征。从中推导出七项临床可解释的病理指标，以核中心化指数 (NCI) 和纤维大小变异系数 (Fiber CV) 作为主要生物标志物。

该工具集已在两个独立队列的 478 张 H&E 全切片图像上验证（华山队列 n = 79；GTEx 队列 n = 399）。

主要功能

• 四层组织分割：从单张 H&E 切片中分割肌纤维、脂肪、细胞核和结缔组织
• 37 个形态学特征，涵盖五个生物学类别（详情）
• 七项病理指标：核定位、纤维大小、形状、组织成分和细胞反应
• MyoPath Score：复合严重程度评分（外部验证 AUC = 0.873）
• 主要生物标志物：NCI (p = 1.3 x 10⁻⁵) 和 Fiber CV (p = 2.9 x 10⁻⁴)

分割流水线

层	组织	方法	Dice
1	肌纤维实例	Cellpose-SAM	0.92
2	脂肪浸润	像素分类器	0.95
3	细胞核	Watershed 检测	0.87
4	结缔组织	布尔减法	0.88

引用

Zhong H*, Gao M*, et al. MyoPath: A Deep Learning Pipeline for Objective Morphometric Assessment of Skeletal Muscle Biopsies. 投稿准备中。