运行

步骤 1 — 创建 ROI（QuPath）

1. 在 QuPath 中打开 .vsi 切片
2. 导航至感兴趣区域
3. 在 QuPath 脚本编辑器中运行 MyoPath1_roi.groovy（Automate → Show script editor）
4. 视图中心将出现 1500 µm × 1500 µm 的方形 ROI

TIP

ROI 大小经过标准化，确保不同切片间组织取样的一致性。

步骤 2 — 组织分割（QuPath）

1. 选中步骤 1 创建的 ROI（点击选中）
2. 运行 MyoPath2_segment.groovy
3. 等待三层分割完成：
   • 肌纤维：Cellpose-SAM（GPU 约 30–60 秒）
   • 脂肪区域：像素分类器（约 5 秒）
   • 细胞核：watershed（约 10 秒）
4. 所有注释以独立对象显示，颜色编码如下：

颜色	组织
红色	肌纤维
黄色	脂肪
蓝色	细胞核

关键参数

脚本提供了若干可调参数，以适应不同组织：

肌纤维分割（muscleFiberParams）：

参数	默认值	说明
expectedDiameterMicrons	80	预期肌纤维直径（µm）。如果纤维持续漏检或过度合并，请调整为样本中典型纤维口径
downsample	10.0	控制分割精细度。值越低细节越好但内存占用和处理时间增加；值越高速度越快但越粗糙

脂肪检测（fatParams）：

参数	默认值	说明
splitThreshold	0.1	像素分类器的脂肪区域分割阈值。默认值适用于内置的 Fat in muscle 分类器；如果您在 QuPath 中自行训练分类器，可能需要调整此值

细胞核检测（nucleusParams）：

参数	默认值	说明
threshold	—	Hematoxylin 通道信号强度的检测阈值。增大则检出更少但更可靠的核；减小则检出更多但可能出现假阳性。最佳值取决于染色强度

WARNING

第四层组织——结缔组织——在步骤 4 中通过布尔减法计算得出，不在 QuPath 中直接标注。

步骤 3 — 导出数据（QuPath）

1. 再次选中 ROI
2. 运行 MyoPath3_export.groovy
3. 输出保存至 exports/{图像名称}/：

exports/HE_M3669/
├── HE_M3669_ROI.tiff             # 全分辨率 ROI 图像
├── HE_M3669_ROI.jpg              # JPEG 预览
├── HE_M3669_annotations.geojson  # 所有注释
└── HE_M3669_summary.txt          # 导出摘要

步骤 4 — 批量分析（Python）

cd MyoPath

# 测试单个样本
python MyoPath4_analysis.py --test HE_M3669

# 处理所有样本
python MyoPath4_analysis.py --all --cores 16

# 处理指定样本
python MyoPath4_analysis.py --samples HE_M1600,HE_M2806

# 自定义输入/输出目录
python MyoPath4_analysis.py --all --input /data/exports --output /data/results

# 调试模式（单进程）
python MyoPath4_analysis.py --test HE_M3669 --sequential --verbose

命令行参数

参数	默认值	说明
--test NAME	—	测试单个样本
--samples A,B	—	处理指定样本（逗号分隔）
--all	—	处理 exports/ 下所有样本
--input DIR	../exports	导出目录路径
--output DIR	../results	结果目录路径
--cores N	10	并行处理 CPU 核心数
--sequential	关闭	单进程模式（用于调试）
--verbose	关闭	详细日志

输出结构

每个处理后的样本会在导出目录生成单样本结果，另有汇总结果：

exports/{样本名称}/                        # 单样本结果
├── {样本}_statistics.json               # 组织面积统计
├── {样本}_dystrophy_report.json         # 完整病理报告
├── original_image.png                   # H&E 图像
├── standard_segmentation.png            # 四层组织叠加图
├── muscle_fiber_colormap.png            # 单纤维着色图
└── three_view_comparison.png            # 三视图对比

results/                                  # 汇总结果
└── batch_analysis_summary.json          # 批处理分析摘要

可视化输出

文件	说明
original_image.png	原始 H&E 染色组织图像
standard_segmentation.png	四种组织类型的彩色编码叠加图
muscle_fiber_colormap.png	每根肌纤维以独特颜色渲染，便于实例级检查
three_view_comparison.png	并排面板：原始图、分割图、纤维着色图

肌营养不良报告

JSON 报告（*_dystrophy_report.json）包含全部 7 项病理指标和综合 MyoPath Score（0–100）：

评分范围	严重程度
0–20	正常 / 轻微
20–40	轻度
40–60	中度
60–100	重度

各指标的详细定义和临床解释请参阅形态学特征。